用頻譜分析儀對電信號進行測量時，為了減少測量誤差，我們往往要根據所要測量的信號特點來設定儀器的分辨率帶寬、視頻帶寬和掃描速度（或時間），這幾項儀器參數設定是頻譜儀使用中的三大基本設定。
通常在測量時我們都希望儀器能以快的速度顯示相關測量的結果，那么我們是否可將掃描速度設得任意快呢？回答是否定的，我們知道任何電子電路都有不同的工作帶寬，不同的帶寬電路對信號的響應時間是不同的，通常帶寬較寬的電路的響應時間比帶寬較窄的電路的響應時間快。如果掃描速度過快，則電路來不及響應而產生顯示誤差。在使用頻譜分析儀進行信號測量時，我們常常設置不同的分辨帶寬，因此儀器的掃描速度也應該進行相應的設置，這樣才能減少儀器的顯示誤差。
先，電源對于頻譜分析儀來說是非常重要的，在給頻譜分析儀加電之前，一定要確保電源接法正確，保證地線可靠接地。頻譜儀配置的是三芯電源線，開機之前，必須將電源線插頭插入標準的三相插座中，不要使用沒有保護地的電源線，以防止可能造成的人身傷害。
其次，對信號進行精確測量前，開機后應預熱三十分鐘，當測試環境溫度改變3—5度時，頻譜儀應重新進行校準。
第三，任何頻譜分析儀在輸入端口都有一個允許輸入的MAX安全功率，稱為MAX輸入電平。如國產多功能頻譜分析儀AV4032要求連續波輸入信號的MAX功率不能超過＋30dBmW(1W)，且不允許直流輸入。若輸入信號值超出了頻譜儀所允許的MAX輸入電平值，則會造成儀器損壞；對于不允許直流輸入的頻譜儀，若輸入信號中含有直流成份，則也會對頻譜儀造成損傷。
一般頻譜分析儀的MAX輸入電平值通常在前面板靠近輸入連接口的地方標出。如果頻譜儀不允許信號中含有直流電壓，當測量帶有直流分量的信號時，應外接一個恰當數值的電容器用于隔直流。
當對所測信號的性質不太了解時，可采用以下的辦法來保證頻譜分析儀的安全使用：如果有RF功率計，可以用它來先測一下信號電平，如果沒有功率計，則在信號電纜與頻譜儀的輸入端之間應接上一個一定量值的外部衰減器，頻譜儀應選擇MAX的射頻衰減和可能的MAX基準電平，并且使用寬的頻率掃寬(SPAN)，保證可能偏出屏幕的信號可以清晰看見。我們也可以使用示波器、電壓表等儀器來檢查DC及AC信號電平。
